高通量组织研磨机具有对称的一对高速大振幅的摇臂，研磨罐在水平方向上进行高频钟摆式振动，研磨球在惯性的带动下以高能量反复撞击及摩擦，从而达到粉碎研磨的效果。研磨罐的运动是与罐内研磨球的运动进行叠加，将样品充分混合。混合效果可以通过使用多个不同直径的小研磨球来得到进一步的提高，高通量组织研磨机研磨时使用多个不同直径的小研磨球可以大大提高样品的均混度。生物细胞就可以通过使用大量小球（如玛瑙球）进行细胞破壁。球与球之间的巨大撞击和摩擦可有效地实现细胞的破壁。
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